1998年4月22日，当时年仅20岁的德扬-斯坦科维奇在对韩国队的友谊赛里完成了自己的国家队处子秀，他当时身披的是南斯拉夫战袍，这位年轻的中场独中两元帮助球队3-1击败对手。随后斯坦科维奇还代表南斯拉夫参加了1998年世界杯和2000年欧洲杯。
2006年世界杯预选赛时，斯坦科维奇已经披上了塞黑队的战袍，德国赛场上这位中场球员得到了10号战袍，并在米洛舍维奇退役之后接过国家队队长袖标。2010年南非世界杯斯坦科维奇的国家队战袍又变成了塞尔维亚的红白色，作为队长他曾带领球队在小组赛1-0击败德国。
在塞尔维亚历史上，只有米洛舍维奇一人完成过百场纪录，但代表三个不同国家队完成百场壮举斯坦科维奇是第一人，恐怕也难有后来者。欧足联刚刚通过“百场名人堂”的决议，在下属53个会员国代表国家队出场百次的球员将得到特别嘉奖进入名人堂，斯坦科维奇不出意外也会获得这个荣誉。
在接受《国米新闻网》采访时斯坦科维奇还回忆起自己的国家队处子秀，“非常美妙的回忆。我现在还记得，对手是韩国。那时我还是个孩子，在我身边都是米哈伊诺维奇这样的成名老将。助理教练把我叫过去，告诉我说，淡定点小伙子，每个人都有机会，你的表演时刻到了。他是对的，百场纪录对我来说是个荣誉，我没想到自己能够为国家队出场这么多次。
